Le contrôle fiscal est souvent redouté par les entreprises, notamment les indépendants, TPE ou professions libérales. Pourtant, il s’agit d’un processus normal de vérification effectué par l’administration pour s’assurer que votre comptabilité est en règle. Et dans ce cadre, la facturation est un point clé : numérotation, mentions obligatoires, conservation… Une irrégularité, même mineure, peut entraîner des redressements.

Alors, comment bien se préparer à un éventuel contrôle fiscal en matière de facturation ? Quelles sont les obligations à connaître ? Et quels sont les points que l’administration vérifie en priorité ? Cet article vous donne les réponses essentielles.

Pourquoi la facturation est au cœur d’un contrôle fiscal ?

La facture est la preuve formelle d’une transaction. Elle justifie une écriture comptable, un encaissement, un paiement de TVA, une charge déductible… C’est donc un document fiscal fondamental. En cas de contrôle, l’administration cherche à vérifier que vos factures :

• existent bien pour chaque transaction,

• sont correctement établies,

• sont cohérentes avec vos déclarations fiscales.

Un écart ou une incohérence entre les factures et votre comptabilité peut susciter des suspicions, voire entraîner un redressement.

Les obligations légales à respecter pour éviter les sanctions

Pour être conforme, chaque facture émise par une entreprise doit répondre à des exigences précises, définies par le Code général des impôts (article 289). Voici les principales règles à respecter.

🔹 Les mentions obligatoires

Chaque facture doit comporter des éléments précis, dont notamment :

• le nom de l’émetteur et du client,

• l’adresse des deux parties,

• la date de la facture,

• un numéro de facture unique et chronologique,

• la désignation des biens ou services vendus,

• le prix unitaire HT, la quantité, le taux et le montant de la TVA,

• les conditions de règlement.

Retrouvez la liste complète des mentions à jour sur le site service-public.fr.

🔹 La numérotation chronologique

Les factures doivent suivre une numérotation continue, sans doublons ni sauts. L’administration vérifie si la suite est logique et s’il n’y a pas de factures manquantes. Tout trou dans la numérotation devra être justifié.

🔹 La conservation des factures

Toutes les factures doivent être conservées pendant 10 ans, sous format papier ou électronique. Si vous utilisez un logiciel de facturation, celui-ci doit garantir l’inaltérabilité, la sécurité, la conservation et l’archivage des données, en conformité avec l’article 289 du CGI.

Quels sont les risques en cas de non-conformité ?

Les sanctions en cas d’anomalies sont réelles. Elles peuvent aller de simples pénalités à des majorations de TVA, une remise en cause de la déductibilité des charges, voire une amende de 15 € par mention manquante, plafonnée à 25 % du montant de la facture.

En cas de factures fictives ou falsifiées, les conséquences peuvent être plus graves encore : redressement fiscal, intérêts de retard, sanctions pénales, etc.

Un bon conseil : ne négligez pas la forme de vos factures, car la forme conditionne la validité fiscale.

Comment bien se préparer à un contrôle ?

La meilleure façon de vous préparer est d’adopter une gestion rigoureuse et anticipée de votre facturation. Voici quelques bonnes pratiques :

✅ Centralisez vos documents

Utilisez un logiciel de facturation fiable (Indy, Axonaut, Quickbooks…) pour générer, stocker et retrouver facilement vos factures. Cela vous évite les oublis ou les erreurs de format.

✅ Gardez une piste d’audit fiable

L’administration peut demander à reconstituer votre activité. Il est donc essentiel de pouvoir relier chaque facture à un devis, une commande ou un contrat. C’est ce qu’on appelle une piste d’audit fiable. Pour en savoir plus, voir le guide du Ministère de l’Économie sur la facture électronique.

✅ Vérifiez la cohérence entre vos documents

Assurez-vous que vos déclarations de chiffre d’affaires, vos relevés bancaires et vos factures sont cohérents. Un écart trop important entre les paiements encaissés et les factures peut éveiller des soupçons.

✅ Formez-vous ou faites-vous accompagner

Un expert-comptable ou un logiciel connecté à votre compte bancaire vous aide à structurer et automatiser votre gestion. Cela limite fortement les risques d’erreurs.

Et la facture électronique obligatoire ?

À partir de 2026, la facture électronique va devenir obligatoire pour toutes les entreprises, selon un calendrier progressif. Cela impliquera :

• l’émission de factures dans un format électronique structuré (XML, UBL…),

• leur transmission via une plateforme dédiée (comme Chorus Pro),

• et l’envoi automatique des données à l’administration.

Cette réforme vise justement à réduire les erreurs et la fraude, tout en facilitant les contrôles fiscaux. Il est donc conseillé de se préparer dès maintenant à cette évolution.

En résumé

Un contrôle fiscal peut survenir à tout moment. Pour y faire face sereinement, votre facturation doit être irréprochable sur le fond comme sur la forme. Numérotation, mentions obligatoires, conservation, cohérence… chaque élément compte.

En cas de doute, il est préférable de se faire accompagner ou d’opter pour des outils numériques fiables. Plus votre gestion est structurée, plus vous êtes prêt à répondre sans crainte à une demande de l’administration.